1984年10月7日，著名物理学家李政道先生向邓小平同志建议，在中国设立博士后制度的同时，设立博士后科学基金，小平同志表示赞成。1985年，《国务院批转国家科委、教育部、中国科学院试办博士后科研流动站报告的通知》（国发【1985】88号），确立在中国实施博士后制度设立博士后科学基金。1989年，为加强博士后科学基金的评审、管理和使用，广开基金来源和便于同国内外各种基金组织进行交流合作，李政道先生向国家建议成立中国博士后科学基金会。经中国人民银行批准，民政部登记注册，1990年5月中国博士后科学基金会正式成立。邓小平同志亲自题写了会名。

中国博士后科学基金会的决策机构是理事会，理事会设理事长、副理事长和秘书长，副理事长兼秘书长，为基金会执行理事长，并兼任基金会法定代表人，理事由25名热心博士后事业的国内著名专家和基金会业务工作密切相关的专业人员组成。理事会每年召开2次会议，每届任期5年。